内设机构
　　根据工作职责，昌吉市科学技术局设三个职能股(室)：
　　(一)办公室
　　负责机关的综合协调、会议组织、公文处理、秘书事务、信息综合、督查督办、信访接待、提案办理、科技宣传、重要文件起草、档案管理和机要保密工作；组织制定局机关的规章制度；负责局机关人事、工资、干部管理，职工培训；负责机关财务和固定资产、后勤等管理工作；指导科技志编修工作；承办接待工作；负责组织本机关的政治学习、公务劳动等工作。组织制定昌吉市科技发展战略，制定昌吉市科技发展规划和五年计划；负责发布科技项目指南，组织编制昌吉市科学技术研究年度计划；监督实施昌吉市科技攻关、重点科技研究等项目；会同有关部门对全市科技事业发展进行宏观管理；指导、协调全市科技工作，负责全市科技统计和统计分析工作；负责有关科技政策的拟定、落实，会同有关部门做好全市科技干部及市级拔尖人才的管理工作，管理全市软科学及社会发展领域的研究工作；组织拟定地方科技法规并监督实施；会同有关部门研究拟定科技体制改革的总体方案和政策措施，指导、协调部门和乡镇科技体制改革工作；研究制定科技成果管理和转化的政策，管理重要科技成果的验收、登记、评审、奖励、推广工作；负责重大科技成果的保密工作；负责全市的对外科技交流与合作。
　　(二)工业科技股(挂昌吉市“火炬”计划办公室，昌吉市科教兴市领导小组办公室牌子)
　　会同有关部门研究拟定昌吉市工业科技、民营科技、技术市场政策和高新技术产业化政策；指导、协调全市工业企业的技术进步；提出工业科技项目和“火炬”计划项目指南，推荐并组织实施昌吉市科技计划的工业项目和“火炬”计划项目，负责管理国家、自治区、自治州创新基金项目；会同有关部门管理高新技术产业开发区,负责推荐高新技术企业的认定工作；会同有关部门组织实施高新技术产业开发及技术创新工作；负责全市民营科技企业技术市场的管理。指导协调“科教兴市”工作，组织实施科技创先工作，开展乡镇党政领导科技进步目标责任制考核工作。负责防震减灾工作的规划和预案的编制，并协调有关部门付诸实施。
　　(三)农村科技股(挂昌吉市“星火计划”办公室牌子)
　　会同有关部门研究拟定昌吉市农村科技发展的政策,协同有关部门推动农村的科技进步；负责提出和组织实施昌吉市科技计划的农业项目和“星火计划”项目；负责管理国家及自治区、自治州农业科技攻关计划、星火计划、农业科技成果转化资金项目；会同有关部门组织实施“星火”密集区的建设；培育“星火”龙头企业,推动农业企业的技术创新；指导农村科技体系建设和科技扶贫工作；负责全市城乡科学技术普及、规划、协调等工作，负责并会同农口各部门组织开展农牧业的“科技之冬”活动，为全市学术团体、协会搞好服务协调工作，积极开展青少年科技活动。