（一）贯彻执行国务院《取水许可制度实施办法》及《自治区取水许可制度实施细则》，主管市辖区内水资源的合理开发、利用和保护，全面实施取水许可制度；对昌吉市辖区内水资源实施“统一规划、统一发放取水许可证、统一征收水资源费”；负责监督、指导全市节约用水工作，查处市辖区内无计划和超计划用水的违规行为，负责征收水资源费并对用水户的年用水量进行年度审验。
（二）制定全市水资源中长期供需计划、用水量的调配方案，提出当年地表水和地下水的供需计划，制定节水计划，推广节水措施、节水先进经验，审批节水工程，并督促检查落实。
（三）协调市环保部门贯彻执行《中华人民共和国水污染防治法》，保护水资源不受污染和破坏，查处违反《水污染防治法》的违法行为，监测辖区内水域的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见。
（四）贯彻执行《自治区凿井管理暂行办法》，主管昌吉市辖区内井队的资格审查，审批城乡打井，办理凿井许可，查处违反《凿井管理暂行办法》的违法行为。
（五）负责市辖区内地下水动态，水质的长期监测工作，为昌吉市地下水合理开发利用，保护和管理提供可靠依据。
（六）负责宣传贯彻《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》等法律法规；负责保护水资源、水域、水工程、水土保持生态环境、防洪抗旱和水文监测等有关设施；负责对水事活动进行监督检查、维护正常的水事秩序，对公民、法人或其他组织违反水法规的行为实施行政处罚或者采取其他行政措施；负责市辖区重大水事案件的查处，配合协助公安司法机关查处水事治安和刑事案件。
（七）负责宣传贯彻《中华人民共和国水土保持法》及自治区关于实施《中华人民共和国水土保持法》实施办法的相关规定，全面负责昌吉市的水土保持工作。
