昌吉市卫健委与财政部门多次沟通，于2026年1月1日完成2家总医院医共体内各成员单位财政预算合并工作，将医共体内所有成员单位财政预算全部打包，由财政统一下达到医共体总医院。总医院可根据业务情况统筹调配医共体内所有成员单位财政预算资金，打破原来各医疗机构预算分散、各自为政的格局，从预算源头推进人财物统一管理。

昌吉市2家总医院设立总医院银行账户，各成员单位在总医院账户下设子账户，将医共体内医保基金、医疗业务收入、药品耗材收入支出全部纳入总医院账户统一管理，各项支出由总医院统一审批、统一支付，大幅提高资金归集度和使用效率，降低资金闲置成本，实现医共体资金集中归集、统一调度和集中监管。